新設社會企業可能面臨諸多挑戰，其中，多數人認為最大的困難在於大眾對社會企業的瞭解不足夠(14.3%)與資金取得的困難(13.4%)。其次，為人力方面的問題，填答人認為既有之人才專業能力不足(10.5%)、專/兼職人力不足 (10.3%)，兩者合計占了20.8%。再其次則為欠缺行銷或推廣之管道(10.3%)，而難覓得合適的管理人才也是需要面對的挑戰(10.0%)。另外，政府未能設計出完善的誘因機制(8.7%)以及法令規章限制過多(6.7%)亦是問題。市場規模不夠大(6.0%)、銀行或可能支援的組織對於社會企業不夠了解(5.6%)、缺乏財務人才(3.3%)等也都具有一定程度的挑戰。